在飛秒激光放大系統中，各個子單元直接之間的時間同步是保證系統穩定有序運行的關鍵。這包括種子激光和、放大大器泵浦源、脈沖選擇器、聲光調制器、機械快門、CCD相機、數據采集系統等子單元的時間同步。使用系統最前端的振蕩器時序信號作為觸發時鐘，在此基礎上，實現信號的分頻以及精確延時調節。